WinSCP

SSHの仕組みを利用してファイル転送をするためのアプリケーション。SCP(Secure Copy Protocol)またはSFTP(SSH File Transfer Protocol)を利用することができ、サーバー側にSSHのサービスがオープンしていれば利用できる。
詳しくはこちらに記載があるので、参考にされたい。ちなみに僕は安定版の最新であるVer.3.8.2を利用している。
以前、通信量が大きく変動するような通信系路上でFTPを使って通信するとウィンドウサイズが0になってコネクションが切れるといったことがあったが、そういう場合でもこのソフトは安定して通信ができる。ただ、設定によるのだろうがデフォルトでは所有者を上書きされてしまうので、使用には注意したほうが良いだろう。