ダウンロードの表示(Ctrl+J)→左下のオプション→ダウンロードオプションにて既定のダウンロードフォルダーの設定を実在するフォルダに変更する必要がある。
（実在しないフォルダに変更することはできないが、フォルダを選択した後にフォルダの書き込み権限が削除された場合などに発生しうる）
Internet Explorerのダウンロードの仕組みはどうやら下記のようである。
Content-Typeがtext/html等ブラウザで解釈できる値ではない場合
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SmartScreenに問合せ
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ダイアログを表示し、保存、名前を付けて保存が選択された場合
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既定のダウンロードフォルダー にダウンロード
（このフォルダが実在しない場合には、このタイミングで無応答になる）
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リアルタイムスキャンを実行
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名前を付けて保存が選択されている場合には保存先ダイアログを表示